Creusée dans le grès argileux à 100 mètres au-dessus de la rivière, elle se compose d'un labyrinthe d'habitations troglodytes sur deux niveaux, reliés par un long couloir-galerie à voûte semi-cylindrique. Les grottes atteignent 37 mètres de profondeur.

Il n'y a qu'une seule entrée à la cité souterraine. D'où le nom du monument : Yekedeshik (qui signifie « une seule ouverture » ​​en turkmène). Cette seule entrée rendait probablement les grottes invisibles et pratiquement impénétrables.

Ces grottes sont peu étudiées et leurs origines sont inconnues, mais les scientifiques supposent qu'Ekedeshik serait apparue vers le premier siècle avant J.-C. Cette grotte est mentionnée dans de nombreux contes et légendes turkmènes. Certains prétendent que les caravanes de chameaux pouvaient y entrer et en sortir en deux rangées. Selon une légende, la grotte aurait été creusée par les guerriers d'Alexandre le Grand, arrivés sur le territoire de l'actuel Turkménistan en 334 avant J.-C. ; une autre affirme qu'elle serait la création naturelle de puissants génies. La plupart des archéologues supposent qu'Ekedeshik était un monastère souterrain pour les moines chrétiens ou bouddhistes qui vivaient en Asie centrale dans l'Antiquité.

Au total, la cité troglodyte compte 44 salles distinctes. Trente-cinq d'entre elles sont accessibles, mais plusieurs se sont complètement effondrées. Par endroits, on trouve de petites chambres creusées de fosses rondes, soit des puits comblés, soit des entrepôts. Certaines salles sont dotées d'escaliers surélevés menant au premier étage. Les grottes ont été entièrement creusées ; aucun matériau de construction n'a été utilisé. Des étagères ont été encastrées dans les murs de certaines « maisons ».

D'ailleurs, selon les scientifiques, certaines de ces grottes ont été creusées bien plus tard, aux XIVe et XVe siècles. Spacieuses, elles pouvaient accueillir plusieurs personnes, voire des familles entières. L'une des salles de la grotte avait manifestement une fonction particulière : son entrée est marquée par une structure ressemblant à un portail, et la décoration intérieure est particulièrement soignée.

Le complexe souterrain comprend deux étages. L'étage supérieur, d'après les artefacts découverts lors des fouilles, abritait des espaces de vie et de prière, des salles communes et une cuisine. L'étage inférieur abritait des entrepôts, des puits et un système de drainage naturel collectant les eaux souterraines accumulées dans les grottes.

Grâce à ses murs ondulés, Yekedishek est totalement insonorisé. Des niches pour lampes y sont creusées. On ignore encore comment le problème de ventilation de ces cellules a été résolu. Ce qui est certain, c'est que les grottes conservaient la fraîcheur pendant la chaleur estivale et que la chaleur des cheminées était maintenue pendant le froid hivernal. Depuis l'étroite plateforme devant l'entrée des catacombes, un panorama imprenable sur les environs s'ouvre : de cette hauteur, par beau temps, on peut observer toute la zone sur des dizaines de kilomètres. Aujourd'hui, Yekedishek est une réserve historique et culturelle d'État du Turkménistan et l'une des attractions touristiques les plus populaires du pays. Des fouilles archéologiques y sont toujours menées, mais le site est néanmoins ouvert aux visiteurs : une route a été construite jusqu'au point d'ascension, le complexe est éclairé à l'électricité et le sol est recouvert de roseaux pour empêcher les pas de soulever la poussière. Des guides expérimentés travaillent également dans le complexe troglodyte.